СТМ је у могућности да детектује атомску структуру испитиваног узорка.
Опсег површина које је могуће анализирати је од 50 x 50 до 500 x 500нм.

Ограничење: могуће је анализирати само проводне или полупроводне узорке

АФМ поред анализе структуре узорака омогућава одређивање еластичности, тврдоће и континуалности полимерних, металних и других филмова на различитим супстратима.
Опсег површина које је могуће анализирати је од 500 x 500 нм до 125 x 125 μм.
Не постоји ограничење природе узорка, могу се анализирати и непроводни материјали
Анализа је могућа и у течној фази, односно у реалним условима.